秘书处：
负责机关日常文字、事务、宣传调研工作。负责起草工作计划、工作总结等综合性文稿，了解和反映各地各部门对台工作情况，收集、汇总分析全市涉台信息，定期编发《南通台湾工作》；承办文件处理、文书档案、机要保密、通信、台史（志）编纂、信访以及机关所属单位的组织、人事、机构编制、干部培训工作；负责机关物资设备、车辆管理、后勤保障、老干部服务工作；管理、协调全市对台宣传（新闻）工作，会同有关部门进行党的对台方针政策和涉台形势的宣传工作；指导协调两地新闻交流工作，审核报批我市记者赴台采访工作，具体负责接待和管理来本市采访的台湾记者；负责重要涉台新闻报道的起草、审阅和入台宣传稿件、资料的审查报批工作，组织指导对台宣传品的制作，具体承办涉台重大事件的新闻发布工作；负责调查研究并及时提出分析报告和政策建议，制定全市对台调研课题并组织实施。
联系人：金林远 联系电话：85098990
经济处：
负责具体承办对台招商引资工作，全市对台经济情况的收集综合整理工作；参与协调台商重大投资项目的有关事项；指导全市对台经济政策的咨询服务工作；负责台资企业的统计上报工作；承担对台经济政策的研究、指导工作；承办我市赴台经贸考察、商务赴台、与台湾科技合作的审核工作，负责赴台进行经贸交流人员的教育工作。承办我市与台湾通邮、通航、通商的管理、协调事务。
联系人：李颖俊 联系电话：85098998
台资企业服务处：
贯彻《台湾同胞投资保护法》并监督检查；受理台商和台资企业投诉，具体指导、协调、处理台资企业建设、生产、经营和发展中遇到的问题和纠纷，检查督促我市对台资企业各项优惠政策措施的落实到位情况，维护台商的正当权益，做好以台引台工作；为全市台资企业和台商提供法律、政策等咨询和各类服务，经常听取台资企业的意见和建议，收集、整理对台经济信息。具体联系和指导台资企业协会的工作。
联系人：王锋 联系电话：85098991
联络交往处：
负责全市对台联络工作。承办省委台办（省台办）交给我市的专项工作；联系、指导全市对台上层联络工作，具体联系和指导台属联谊会工作，开展与台湾同乡会的联络交往工作，定期编发《南通乡讯》；为招商引资牵线搭桥；负责管理、协调全市与台湾学术、教育、卫生、文化、体育、宗教等交流事宜；负责应邀赴台交流人员的教育工作；指导协调我市与台湾人员交往中衍生的民事问题，协调有关部门处理涉台突发性事件和有关问题；具体联系指导市各民主党派、工商联和其他群众团体有关重点人士、重大活动等方面的涉台工作；配合有关部门研究提出台湾居民来我市旅游、探亲及我市居民赴台旅游的有关政策、措施。
联系人：严峻 联系电话：85098973